熨斗的软件
CaImAn-MATLAB
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用于大规模钙成像数据分析的计算工具箱。该代码实现了CNMF算法同时从大规模钙成像电影中提取源和spike推理。包含了更多的功能。该代码适用于躯体成像数据的分析。未来将增加对树突/轴突成像数据分析的改进实现。
基于fft加速插值的t-SNE
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基于fft加速插值的t-SNE (FIt-SNE)是t-SNE(随机邻域嵌入)的一种高效实现,用于高维数据集的降维和可视化。这段代码能够在桌面上的2分钟内对100万个数据点执行1000次t-SNE迭代,这比任何其他现有代码都快很多倍。由Manas rach和耶鲁大学的合作者撰写。
Kachery-cloud
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Kachery-cloud是一个用于在实验室计算机和基于浏览器的用户界面之间共享科学数据文件、实时反馈、可变数据和计算结果的网络。资源被组织成通过注册的Python客户端访问的项目。使用简单的Python命令,您可以存储文件、数据对象、可变变量或实时提要,然后通过引用通用URI字符串在远程机器上(或通过JavaScript在浏览器中)检索或访问这些文件。在静态内容的情况下,uri本质上是内容散列,从而形成一个内容可寻址的存储数据库。虽然目前kachery-cloud的主要目的是支持figurl,但它也可以独立用于合作科研工作流程,并用于提高科学的可重复性和传播性。