熨斗的软件
用于大规模钙成像数据分析的计算工具箱。该代码实现了CNMF算法的同时源提取和峰值推断从大规模钙成像电影。还包括许多其他功能。该代码适用于体细胞成像数据的分析。改进的树突/轴突成像数据分析实现将在未来添加。
基于fft加速插值的t-SNE (FIt-SNE)是t-SNE(随机邻域嵌入)的有效实现,用于高维数据集的降维和可视化。该代码能够在桌面上在2分钟内对100万个数据点执行1000次t-SNE迭代,这比任何其他现有代码快许多倍。玛纳斯·拉赫与耶鲁大学的合作者共同撰写。
Kachery-cloud是一个用于在实验室计算机和基于浏览器的用户界面之间共享科学数据文件、实时馈送、可变数据和计算结果的网络。资源被组织成项目,这些项目可以通过注册的Python客户端访问。使用简单的Python命令,您可以存储文件、数据对象、变量或实时提要,然后通过引用通用URI字符串在远程机器上(或通过JavaScript在浏览器中)检索或访问这些内容。在静态内容的情况下,uri本质上是内容散列,从而形成一个内容可寻址的存储数据库。虽然目前kachery-cloud的主要目的是支持figurl,但它也可以独立用于协作科学研究工作流程,并用于提高科学的可重复性和传播性。
MountainSort是由Flatiron研究所计算生物学中心的Jeremy Magland, Alex Barnett和Leslie Greengard与加州大学旧金山分校生理学系的Jason Chung和Loren Frank密切合作开发的spike分类软件。MountainSort是MountainLab的一个插件包,它是一个用于科学数据分析、共享和可视化的通用框架。
MountainLab是一款面向科学家的数据处理、共享和可视化软件。它是围绕MountainSort(一种尖峰排序算法)构建的,但设计得更普遍适用。
SpikeForest是一个可重复的、不断更新的平台,它在一个大型电生理记录数据库中对spike分类代码的性能进行基准测试。它包括展示我们最新发现的网站,包含运行SpikeForest分析工具的Python包,以及包含真实峰值信息的电生理学记录的扩展集合。