熨斗的软件

钙成像采集技术的最新进展正在创造数量级为tb /周的数据集。需要内存和计算效率高的算法来在合理的时间内分析tb级的数据。本课题实现了钙成像胶片分析流水线所需的一套基本方法。快速和可扩展的算法实现运动校正，电影操作，以及源和尖峰提取。CaImAn还包含一些用于分析摄像机行为的例程。总之，CaImAn提供了一个通用的工具来处理大型电影，特别强调了双光子和单光子钙成像和行为数据集的工具。

用于大规模钙成像数据分析的计算工具箱。该代码实现了CNMF算法的同时源提取和峰值推断从大规模钙成像电影。还包括许多其他功能。该代码适用于体细胞成像数据的分析。改进的树突/轴突成像数据分析实现将在未来添加。

现代成像方法，如光、电子和同步加速器x射线，已经能够对高分辨率的大型样品进行3D成像。因此，产生了越来越多的tb级甚至pb级的图像卷。在单台计算机上运行的传统软件已经无法处理它们，而分布式计算，特别是云计算通常是首选。同时，由于科学任务的多样性，存在多种图像处理管道，但它们内部通常有一些共同的操作。Chunkflow就是为了应对这些挑战而设计的。图像体积被分解成块并分布在计算节点上。得益于混合云架构设计，用户可以在本地集群和公共云上同时使用cpu和gpu运行任务。目前，可以在命令行中组合50多个操作符，即时构建定制管道。用户还可以轻松地插入自己的Python代码作为新的操作符。Chunkflow建立在实际项目中，并已用于产生超过18 pb的结果卷。 The maximum scale we have reached is over 3300 instances with GPUs in Google Cloud across three regions, and Chunkflow is still robust and reliable.

由于神经元和血管的弦状性质，它们可以被抽象为具有中心线和半径的弯曲管。这种表示可以用于形态学分析，如路径长度和分支角度。给定一个精确的体素分割，物体中心线和半径的计算称为骨架化。RealNeuralNetworks.jlis developed to do that. Unlike most related packages, it combines the synaptic connectivity graph with morphological features and could be used to explore the relationship between synaptic connectivity and morphology. Recently, a new arising programing language, called Julia, is getting popular in data science. RealNeuralNetworks.jl is a Julia package and the algorithms are written from scratch for less dependency and efficiency.